五行學說用於指導疾病的診斷和治療
l.用於診斷：人體本身是一個有機的整體，內部臟腑有病可以反映於機體的體表，故《靈樞·本髒》說：“視其外應，以知其內臟，則知所病矣。”一般來說，人體內臟的病變或其相互關係的異常，皆可從其色澤、聲音、形態、口味、脈象、舌苔等方面反映出來。故《難經·六十一難》說：“望而知之者，望見其五色，以知其病。聞而知之者，聞其五音，以別其病。問而知之者，問其所欲五味，以知其病所起所在也。切脈而知之者，診其寸口，視其虛實，以知其病，病在何臟腑也。”
可以看出，正是由於對五臟與五色、五官、五味、五音等進行了五行分類歸屬，作了一定的聯繫，這種五臟系統的層次結構，即為臨床診察疾病奠定了理論基礎。在臨床實際運用時，我們即可以綜合四診材料，再根據五行之所屬及其生剋乘侮規律來推斷病情。
一般說來，中醫診病很重視色診與脈診的結合應用，且能從客觀上大致反映出疾病的狀況，但是，欲從色脈來判斷病情的發展趨勢，則又必須根據五行生剋規律來進行推測。《醫宗金鑒·四診心法》指出：“色脈相合，……。已見其色，不得其脈，得克則死，得生則生。”
2.用於治療：主要在於控制疾病的傳變和確定治則治法。
（1）控制疾病的傳變：疾病的發生主要是由於人體的臟腑陰陽氣血功能失調所致，而臟腑組織的功能失調，也必然反映於內臟生剋制化關係的失常。疾病的傳變，亦常是一髒受病而波及他髒，或他髒受病而傳其本髒。因此，在治療時，除對所病本髒進行適當處理外，特別應考慮到與有關臟腑的傳變關係，並應根據五行學說的生剋乘侮規律，來調整其太過或不及，以控制其疾病的傳變，使之恢復其正常的功能活動。
例如肝臟有病，則應先強健脾胃，以防其傳變。脾胃不傷，則疾病不傳，且易於痊癒。故《難經·七十七難》說：“見肝之病，則知肝當傳之於脾，故實脾氣。”這種病在本髒，治在他髒的原則，充分體現了中醫治療學中的整體觀點。
然而，疾病的傳變與否，還取決於臟腑的機能狀態。即五臟虛則傳，實則不傳。故《金匱要略》又指出：“見肝之病，知肝傳脾，當先實脾，四季脾旺不受邪，即勿補之。”即是此意。
總之，在臨床工作中，我們既要掌握疾病在其發展過程中的傳變規律，並根據其生剋乘侮規律及早控制其傳變，防患於未然。又要根據其具體病情而進行辨證論治，因此不能把五行的某些關係當作刻板的公式而機械地運用，應當具體問題具體分析，靈活對待。
（2）確定治療原則和治療方法：主要是根據相生或相剋規律，來確定相應的治療原則和方法，主要有如下幾方面：
一是根據相生規律確定治療原則：多用於母病及子或子病犯母（即子盜母氣）等證候。《難經·六十六難》說：“虛則補其母，實則瀉其子。”故其基本治療原則，即是補母或瀉子。
此外，運用相生規律來進行治療，除母病及子或子病犯母可採用補母或瀉子進行治療外，若系單純的子病虛證除補虛外，亦可運用母子關係，兼顧補其母以加強其相生力量，從而有助於子髒虛證之恢復。
根據五行相生規律而確立的治療方法，臨床常用者，主要有滋水涵木法、金水相生法、培土生金法這三種。
二是根據相剋規律確定治療原則：臨床上多用於因為相剋關係紊亂而出現的乘侮病證。主要有相剋太過、相剋不及和反克（即相侮）之不同，其主要機理則是應用抑強或扶弱方法，並側重於制伏其強盛，從而使弱者易於恢復。此外，在必要的時候，亦可在其強盛之一方尚未發生相乘傳變時，利用其相剋規律，預先加強其被克者的力量，從而防止病情的發展。
根據五行相剋規律確定的治療方法，臨床常用者有抑木扶土法、培土製水法、佐金平木法、瀉南補北法這四種。
應當指出，腎為水火之髒，腎陰虛亦能使相火偏亢或妄動，從而出現性機能亢奮，可見夢遺、耳鳴、喉痛、咽乾等症。此屬腎臟本身之陰陽偏盛、偏衰，不能與五臟相互關係之水不制火混為一談。
此外，在針灸療法中，五行生剋關係的應用亦有其重要的意義。針灸醫家將手足十二經四肢末端的穴位分屬於五行，即井、榮、俞、經、合五種穴位，分屬於木、火、土、金、水，臨床上即可根據不同的病情，運用五行生剋乘侮規律而選擇穴位，進行治療。
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